Документы поданы, теперь ждать решения. Вот план действий для тех, кто хочет повторить.
UPD. Прошёл следующий этап, небольшие добавления к алгоритму

Для чего это вообще нужно?

Вкратце, не-европейцы со статусом LTR получают на Мальте практически те же права что и европейцы, живущие здесь: равный доступ к рынку труда, образованию, покупке жилья и т. д. Нельзя голосовать на выборах в европарламент и тому подобных нюансах, доступных только обладателям паспорта, в остальном жизнь (в теории) должна быть почти как у местных.
Скучные бюрократические подробности: https://legislation.mt/eli/sl/217.5/eng/pdf

Как получить?

— Прожить 5 лет (или больше) на Мальте, легально работая
— В последний год закончить курс интеграции (история Мальты)
— Сдать экзамен по мальтийскому языку на 65% и выше (MQF2)
— Иметь подходящее жильё для себя и семьи (собственное или арендованное)

Прожить 5 лет

К сожалению, мальтийские чиновники по-своему трактуют закон и требуют 5 лет именно работы на Мальте. В законе требование о легальном проживании, сведения о доходах нужны только за последние 2 года. Можете попробовать поругаться с ними, или попытаться выполнить требования — судя по неповоротливости местной судебной системы второе будет быстрее.

Курс интеграции

Раньше его организовывала контора JobsPlus, потом LifeLongLearning (вроде бы и сейчас у них он есть), с позапрошлого года всю интеграцию взяли под крыло вот здесь: I Belong — ищите в гугле «I Belong courses Malta». Полтора года отличные преподаватели (по крайней мере в нашей группе были отличные) будут объяснять вам нюансы жизни на Мальте. Это не просто заучивание дат (их там десяток), но именно рассказы о том что и почему делается на Мальте вот таким вот странным для приезжих образом.

В законе есть требование именно по количеству часов посещения курса, так что ходить придётся :(

Мальтийский язык

В теории, можете выучить сами, записаться на экзамен на уровень MQF2 и сдать. Гораздо проще или ходить на курсы параллельно с курсом интеграции (раз уж всё равно год коту под хвост), или на курсы в LifeLong Learning. Язык вы нормально на этих курсах, конечно, не выучите, но научитесь более-менее понимать структуру предложения, знать какое слово искать в словаре, выучите пару фраз на 7 жизненных ситуаций, которые спрашивают на экзамене, сдадите и забудете.

Подходящее жильё

Термин этот определили ещё в 2010 году и с тех пор не меняли. Архитекторы понятия не имеют что это такое, приходится присылать им выписку из Government Gazzette за тот самый 2010 год — с тех пор требования не менялись. Вам нужен сертификат от архитектора, любое жильё лучше комнаты в общаге подойдёт.

Документы для подачи

Как только получили последние сертификаты, собирайте пачку документов по списку и отправляйте на noneu.ima@gov.mt — все документы прикрепляете в PDF формате, тема письма «Name Surname — Long-Term Residence application». После предварительной проверки вас попросят принести их в распечатанном виде в Identity Malta (для чего — хрен его знает). Потом 6 месяцев ожидания, вызов в Identity Malta для фото, пальцев, подачи формы L и обмена вашей текущей карты на новую с гордой надписью «Long-Term Residence permit»

Обратите внимание, текущая карта остаётся у вас до момента, когда ID Malta подтвердит что вы можете приходить с заполненной формой L (примерно 6 месяцев). Всё это время вам нужно будет продлевать карту на том же основании что и раньше (например, работа) — не стоит радостно увольняться сразу как только закончили курс интеграции :) «голубую бумагу» при подаче документов не выдают и жить в ожидании решения по LTR вы должны по какому-то другому основанию.

Список нужных документов приведён у ID Malta на сайте
https://identitymalta.com/wp-content/uploads/2019/10/Checklist-for-the-application-for-a-residence-permit-of-TCNs-on-the-basis-of-LTR-status.pdf

Covering letter

Формы нет, я придумал сам, вроде бы их устроило, пользуйтесь (я убрал личные данные и ссылки на Blue Card, остальное правьте под вашу жизнь, конечно): Cover Letter

Chronological list of dates of arrivals and departures from the Schengen territory

Для путешественников это головная боль, конечно, но я заранее начал всё записывать, иначе потом ничего не вспомнишь. Если из почты не получается достать все данные о перелётах, попробуйте восстановить хронологию по штампам в паспорте. Кстати, для особо забывчивых, гугл помнит всё: https://www.google.com/maps/timeline?pb

Формы никакой нет, я сделал вот так, их устроило: List of travels
UPD. Не совсем устроило, попросили оставить только выезды и въезды, а то получается слишком много.

Full copies of the passport/s

Все страницы, и желательно чтобы штампы читались

Tax declarations of the last 5 years

Если у вас был только один источник дохода — достаточно будет FS3 формы за эти годы. Вообще, не очень понятно откуда брать налоговые декларации — их заполняют в одном экземпляре и сдают в налоговую (и даже это не всегда требуется).

A certificate by a warranted architect

Никакой формы нет, архитекторы не знают что это. Алгоритм такой:
— Убеждаетесь что у вас приличное жильё (каждый ребёнок имеет отдельную комнату, есть общая комната, везде есть свет и окна, вода, стены, крыша)
— Показываете вашему архитектору вот эти требования: Government Gazzette
— Если у него/неё всё ещё округляются глаза, даёте образец: Architect’s certificate
UPD. После массовых обращений выпускников курсов — архитекторы теперь лучше знают что это за сертификат, хотя цену за услугу всё ещё назначают с потолка.

Evidence of sickness insurance

Просто оплата SSC на работе не прокатит — надо именно страховку. Ну оформите на год, потом её больше не спросят

Evidence of integration measures

Вот тут нужны сертификаты о прохождении курсов по истории Мальты и результаты экзамена по мальтийскому.

Договор аренды или покупки жилья

В списке этого нет, но всё равно требуют. Договор аренды вместе с формой подписанной (как на продление обычного single permit) или договор покупки жилья.

Три орешка для Золушки копии документов

По странным правилам (или непонятной прихоти чиновника) одни и те же документы вам придётся подать 3 раза: сначала послать по электронной почте, потом принести распечатанные после предварительной проверки, а потом ещё раз (ровно тот же пакет документов) ещё раз вместе с формой L через 6 месяцев. Хотя 6 месяцев — это по закону, в реальности это может быть 7-9 месяцев.

По окончании проверки вы должны получить письмо (физическое, на бумаге, old school) о том, что Identity Malta рассмотрела представленные документы и готово выдать вам LTR. Кроме физического письма вы получите email с датой и временем когда вас будут ждать в офисе Identity Malta. С собой приносите все документы с прошлого этапа, форму L, форму ID-1A, то самое бумажное письмо-подтверждение, оригинал паспорта и прошлой ID. Формально при встрече вас могут попросить предъявить для сверки любые оригиналы к тем копиям что вы представили, но на практике кроме паспорта и ID ни разу ничего не просили. Фотографируетесь, сдаёте отпечатки и на этом второй этап закончен.

Третий этап такой же банальный, как все ваши предыдущие обновления single permit: получаете письмо о том, что карта готова (там же будут коды к сертификатам e-ID), приходите в Identity Malta за картой и забываете весь этот кошмар на 5 лет.

Дерзайте, у вас всё получится!